安全に走るという面では、実際の速度や車で走る速度よりも速く感じるくらいの方が望ましいです。
事故やスピード違反は、バイクに慣れてきた時の方が起こりやすくなります。怖いという気持ちが薄れてきたときに、もう一度気を引き締めてください。

VTRであればタコメーターが付いているので、速度だけではなく、エンジンの回転数を見ながらギアチェンジのタイミングを図ってもいいと思います。
VTRの場合、最大トルクが発生するのは8,500回転なので、トルクが太くなる5千回転〜8千回転くらいで走るのが一番安定します。

5千回転よりも低くても、走ることはできて燃費も良くなるメリットがあります。しかしエンジンの回転数が低くなると、エンストのリスクや加速したいときに思い通りにエンジンが吹け上がらないデメリットがあります。

慣れないうちは、5千回転以上など高めの回転数を維持できるようなギアを選んで乗るといいと思います。
慣れてくると、ノッキング(エンジンがガクンガクン振動する現象)が起こらないギリギリの回転数で走る方が多いです。

速度とギアはエンジンのフィーリングを感じながら選ぶものです。タコメーターが付いていないバイクは体感によるエンジンの回転数とフィーリングに頼ってギア操作するしか方法はありません。
確実にエンストしないギアで、最大トルクが発生する8,500回転よりも大幅に高い回転数で走ることを控えれば、あとは何速で走っても問題ないと思います。

ただ、どれだけうまくギアやクラッチ操作をしても、ある程度はシフトダウンの衝撃はくるものです。
シフトダウンの衝撃やエンジンブレーキのときの前にかかるGを強く感じる場合、ニーグリップが緩いのではないかと気になりました。
しっかりニーグリップをして身体をホールドできていれば、シフトダウンやエンジンブレーキはあまり気になるものではないと思います。

1速は極端にギア比が低いことがあるので、止まるときは無理に1速まで使わず、2速のまま最後はクラッチを切ってブレーキで止まっても問題ありません。
2速で停車して、普段1速発進しているときは、停車後にすぐにギアを下げる癖をつけましょう。